購入存貨在運輸途中發生的短缺和毀損，應根據造成短缺毀損的原因，分別處理。屬于定額內的合理損耗，應計入材料的實際成本，視同提高入庫材料的單位成本；屬于供貨單位的責任造成的，如貨款尚未承付，應按短缺的數量和發票的單價計算拒付金額，填寫拒付理由書，向銀行辦理拒付手續，然后按實際承付的數量和金額作出相應的賬務處理；如已支付貨款，應向供貨單位索賠，沖減采購成本，借記“其他應收款”賬戶，貸記“物資采購”賬戶；屬于尚待查明原因的途中損耗，應按采購成本，借記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”賬戶，貸記“物資采購”賬戶，待查明原因后，再根據不同情況進行相應的賬務處理。其中，經批準計入材料采購成本的超定額損耗，應借記“物資采購”賬戶，貸記“待處理財產損溢——待處理流動資產損溢”賬戶。
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