在我國農村建立的水利工程，除了少部分是由市政府水利部門進行管理之外，其他都是由鄉鎮來對其進行管理。鄉鎮在對水利工程進行管理過程中，往往會只安排一名管理人員，一方面沒有較高的專業能力以及服務水平，另一方面工作繁雜，這就無法對水利工程進行嚴格的管理。由于農村資金方面不足，沒有專業的技術人員，因此鄉鎮只能夠安排一下弱勢人員來管理各種水利設施，當其出現問題并不能夠及時維護，導致水利工程無法充分發揮作用。
2、水利設施老化失修，功能無法充分發揮
目前，在農村所存在的水利工程大多都是在上個世紀建設的，由于受到當時條件的影響，水利工程的質量根本無法保證，再加上使用時間過長，人們沒有對其合理的管理，導致水利設施老化失修，降低了水利工程的使用質量與價值。
3、水利排管體系遭到嚴重的破壞
近年來，為了進一步加快新農村的建設進度，政府以及廣大人民群眾過度開墾土地，導致原來建設的農田水利工程的基礎設施遭到的嚴重的破壞，農民開始將水利工程周邊的溝渠直接改造成農田進行農作物的種植，這就導致農田水利工程無法充分發揮作用，最終可能導致農作物減收，無法提高農村的經濟水平。
4、資金投入相對不足，整合力度不強
由于政府財政困難，勞動力外出打工，造成勞動力缺乏，農民自籌資金有限，投資投勞解決不了大問題。近幾年中央和省財政增加的小型農田水利建設專項資金、農村公益事業“一事一議”獎補資金，項目分散在眾多部門管理，很難形成項目統籌安排、資金合力投入的局面。
