各級水利行政主管部門要加強對小型農田建設的行業管理，統籌本行政區域的城鄉水資源配置，協調各方面力量，實現資源的優化組合。要進一步完善現有項目的審批、資金使用、施工建設、運行管理等辦法。在工程建設中，要嚴格實行項目法人責任制、項目招投標制、合同制和建設監理制，以確保工程質量。工程建成后，要加強行政管理、資金管理、成本管理以及經營管理等，認真貫徹為生產建設、為農民服務的方針，既要保證社會效益和生態環境效益，又要保證工程的良性運行。
2、加強工程建后管護，發揮工程效益
根據各種不同農村水利的特點，需要對不同功能的水利工程采取相應的管理措施，尊重農民意愿，依靠農民自己的力量，使水利工程在完善的工程管理條件之下，取得較好的工程效益。以水利為主的工程，既要適應市場經濟要求，有償服務，核算成本，降低費用，促使工程良性運行，義要堅持不以營利為目的的宗旨。加大人力、物力做到專人負責，采用“村管片，組管線，人管點”的模式，落實管護責任。
3、擴大投資
在農村小型農田水利工程建設中，需大量的工程投資，用以對現有工程進行維修擴建和改造，以適應當今農田水利發展要求在努力增加爭取各級財政投入的同時，地方政府也要加強對農村農田水利工程建設的行政領導，積極調動組織群眾參與農田水利工程建設，充分發揮各級財政資金的引導作用.為了杜絕擠占挪用農業專項資金的現象發生，項目實施單位及時向主管領導和相關部門匯報項目建設情況，與財政部門積極協調銜接，專款專用。進一步完善“一事一議”籌資籌勞制度，通過村民大會或村民代表大會，討論與村民利益關系密切的公共供給，由村民決定是否修建某個公共工程，修建在何處，如何修建，并由村民民主管理由“一事一議”籌集的資金。
