在農田水利工程建設項目的灌溉水源工程中，存在的主要問題為工程性缺水，目前很多庫塘都是上世紀九十年代之前修建的蓄水工程，由于使用時間較長，出現了嚴重老化失修問題，壩體發生滲漏現象，很多放水設施出現了多種弊病，導致庫塘不具備足夠的抗洪能力，無法進行正常蓄水，可供水量不能滿足灌區糧食生產過程中對灌溉用水的需求，在一定程度上制約了高區域產業結構的調整，影響了該地區農業生產的快速穩步發展，如下表1所示為現狀年規劃區需水總量計算結果表。目前引水工程以及提水工程的大部分河床出現了下降問題，設施損壞相當嚴重，嚴重縮小了可灌溉區域的面積，很多提水工程已經無法繼續發揮其作用。在該農田水利工程建設項目區域中，已經配套的機電井包括19眼，其中8眼損毀嚴重，還有一些機電井的相關設施配套不齊全。
2.渠系工程存在的問題
在整個項目區域內擁有的引排水渠道絕大部分都是農民自行修建的土渠，這些渠道建成時間過長，而且大多數襯砌率很低，多年來受到自然災害的損毀嚴重，再加上很多配套設施的老化失修問題，導致橋涵閘破舊。另外，由于渠道的襯砌率過低，而且在洪水季節，來水的含沙量過大，導致渠道內淤積問題嚴重，在這當中淤積量超出設計過水斷面的30~50%幾乎占據了所有渠道的一半，超出設計過水斷面一半的大約有10%。除此之外，造成末級渠系無水問題的原因較多，導致整個灌溉系統出現“上通下阻”的問題，降低了灌區水利用系數，出現農田灌溉區域用水不均勻等問題。
3.雨水積蓄利用工程存在的問題
在整個農田水利工程建設項目區域內由于水窖以及堰塘的數量較少，無法有效的防御跨年度出現的干旱問題，再加上集雨工程建設規范程度較低，甚至在一處集流場出現多眼水窖共用的問題，很多農戶只是修建了水窖，沒有配套相應的集流場，導致不能充分收集有限的降水，而且現有的水窖絕大多數沒有配套相應的供水管道，這就在一定程度上降低了灌溉效益。
