結合實踐而言，RTK技術在水利工程測量中主要存在以下缺陷，在RTK技術未來的發展中，應當著力解決此類問題。
①受衛星狀況限制。由于GPS導航系統是以美國為主導位置的，衛星系統的位置在某些時段是對于某地區是不能被覆蓋到的，所測量的數據會產生假植。尤其是對于高山峽谷處、原始森林密集區甚至城市的高樓密集都會在某些時間段出現信號被遮擋的現象，使得作業結果出現偏差。所以，針對這一問題，技術運用時要通過星歷預報作出適宜的工作時間組織管理。
②數據鏈傳輸受干擾和限制、作業半徑比標稱距離小的問題。RTK數據傳輸時容易由于高大的山體或建筑物的遮擋或者不同的信號干擾而使得數據傳輸受到限制。針對這種情況，在發展該項技術時，注意將基準站設置于測區中心的最高位置點。
③精度和穩定性問題。由于RTK的狀態受衛星狀態及天氣狀況影響較為明顯，所以其精度和穩定性方面較全站儀還稍顯不足，為保證其足夠的精度及穩定性，需要在控制點的布設過程中，需要設置此控制點對RTK測量過程進行校核，處理精度和穩定性不足等缺陷。
