自5月底全面動工至7月下旬，除齊東縣因受蔣軍進攻占領中途停工外，其余各縣基本完工。共修做土方155.02萬立方米，修險用磚石2000立方米。將失修破壞達九年的殘堤恢復原狀，并普遍加高1米。新修五甲楊險工套堤，開挖張肖堂、馬扎子、紙房、小街等處引河，迎接黃河水歸故。
1946年6月，國民黨政府開始了對解放區的全面進攻。為了最大限度地維護下游人民的利益，我黨在進行自衛反擊的同時，仍就堵口工程一事與國民黨當局進行談判。在談判過程中，經過我方據理力爭，最后在7月22日簽署了《上海協議》。國民黨當局有關方面被迫承諾為復堤工程向解放區支付